Die Alph-Ruinen sind in Kristall, wie schon in Gold und Silber, das Gebiet, in dem die verschiedenen Formen von  Icognito Icognito fangbar sind. Direkt am Anfang können jedoch noch keine Icognito gefangen werden, diese werden freigeschaltet, in denen verschiedene Rätsel gelöst werden. Näheres dazu findet ihr in unserer Übersicht unten. Die unterschiedlichen Buchstaben tauchen in der Hauptkammer der Ruinen nach ihrer Freischaltung mit der jeweils gleichen Wahrscheinlichkeit auf.

Beachtet jedoch, dass die beiden Formen  Icognito ! und  Icognito ? in diesen Spielen noch nicht verfügbar waren und folglich nicht gefangen werden können. Die Icognito-Sammlung ist also mit den 26 Buchstaben komplett.

Nach dem Lösen eines Rätsels öffnet sich der Boden unter der Spielfigur und man fällt direkt in die Hauptkammer, wo nun die freigeschalteten Icognito fangbar sind. Jedes Rätsel kann nur einmal vollständig gelöst werden, man kann aber während eines Lösungsversuches jederzeit aufhören und neu beginnen.

Die Alph-Ruinen sind auch der einzige Ort, an dem man wilde  Natu und  Farbeagle (beide im Gras beim dritten, nordwestlichen, Rätsel, das durch die Einheitshöhle erreichbar ist) fangen kann.  Farbeagle ist jedoch nicht nachts zu finden, stattdessen gibt es dann auch im hohen Gras  Felino und  Morlord. Außerdem findet man im Wasser wilde  Felino und  Morlord (beim Surfen) sowie  Quapsel,  Quaputzi und  Karpador (beim Angeln).

Stellt man das Radio-Modul auf die Frequenz 13,5, kann man eine besondere Melodie hören.

Im Gegensatz zu Pokémon Gold und Silber kann man in Kristall neben den Rätseln, die die Icognito freischalten, vier weitere, kleinere, Rätsel lösen: Auf der hinteren Wand jeder Rätselkammer gibt es eine Stelle, an der in Icognito-Schrift ein Wort steht. Hat man dieses gelesen, kann hier ein geheimer Durchgang freigeschaltet werden, der zu einigen Items und verschiedenen Botschaften führt. Mehr dazu unten.