Allgemein

• Die Grafik wurde leicht verbessert, außerdem wird die Schriftart aus Feuerrot und Blattgrün verwendet. Ferner wurde das Intro leicht verändert.
• Die Pokémon-Animationen entsprechen nun auch der alten Kristall-Version.
• Die Spielfigur trägt veränderte Kleidung.
• Nach dem Sieg über die Top4 erhaltet ihr den Nationaldex und ein Tausch mit Blattgrün und Feuerrot ist möglich.
• Die Fangmethode für Regice, Regirock und Registeel wurde leicht verändert.
• Kleine Änderungen am Zuchtsystem.

Story

• Ihr kämpft nun gegen Team Aqua UND Team Magma.
• Team Aqua und Team Magma haben nun jeweile eine Basis.
• Die Arenaleiter haben etwas andere Pokémon in ihren Teams und der achte Arenaleiter wurde komplett ausgetauscht.
• Auch die Teams der Top4 und des Champs wurden teilweise verändert.
• Der Rivale ist nicht mehr der stärkste Gegner. Nach den Top4 könnt ihr die Meteorfälle noch einmal besuchen, um dort den echten Champion zu finden.

Pokémon

• Ihr könnt nun  Kyogre und  Groudon bekommen! Es ist aber nicht leicht, beide zu fangen.
• Ihr könnt nun wählen, ob ihr ein  Latias oder  Latios fangen wollt. Dazu müsst ihr nach den Top4 lediglich im eigenen Haus den Bericht über  Latias und  Latios anschauen und die Frage der Mutter nach dem bevorzugten Pokémon mit Rot (Latias) oder Blau (Latios) beantworten.
• Mit Hilfe von speziellen Tickets (Aurora, Mystic und die "Alte Seekarte") könnt ihr  Lugia,  Ho-Oh,  Deoxys und  Mew (Lvl. 30) fangen. Alle Tickets gab es nur bei einer Pokémon Tour von Nintendo.
• Die Safarizone wurde erweitert und ermöglicht nach dem Erhalt des nationalen Pokédex (also nach den Top4) den Zugang zu einem neuen Gebiet. Dort könnt ihr noch mehr Pokémon fangen:  Sonnkern,  Voltilamm,  Griffel, ( Webarak),  Hoothoot,  Snubbull,  Damhirplex,  Skorgla,  Teddiursa, ( Ledyba),  Tannza,  Hunduster,  Miltank, ( Felino), ( Marill), ( Morlord), ( Remoraid), ( Octillery),  Pottrott.
• Sobald ihr den Hoenn Dex komplettiert habt (200 Pokémon ohne  Jirachi und  Deoxys), könnt ihr euch eines der drei Starterpokemon aus der zweiten Spielgeneration aussuchen:  Endivie,  Karnimani oder  Feurigel!
• Es gibt neue Tauschmöglichkeiten! Im Detail könnt ihr nun ein  Eneco gegen ein  Mauzi tauschen;  Volbeat ist im Tausch gegen ein  Plusle erhältlich;  Kindwurm gibt es für ein  Seeper und  Trasla könnt ihr für ein  Samurzel eintauschen.
• Wer ein  Deoxys nach Smaragd importiert, erhält eine leicht veränderte Version, die besonders schnell ist.

Items

• Das Telefon ist wieder da! Ihr könnt nun Trainer und Arenaleiter anrufen und mit ihnen neue Kämpfe austragen!
• Ihr könnt nun beide Fossilien erhalten (und damit beide antike Pokémon). Das erste gibt es in der Wüste bei Route 111 in einer Höhle, das zweite Fossil liegt in einer Höhle hinter dem Haus des Fossiliensammlers bei Route 114. Letzteres benötigt allerdings den nationalen Pokédex.
• Es gibt mehr TM-Lehrer, von denen ihr die TM nun auch mehrmals kaufen könnt!

Orte

• Es gibt nun die Kampfzone! Dabei handelt es sich um eine neue Gegend, die unter anderem verschiedene Arenen enthält, wie z.B. die Kampfarena, die Kampffabrik, den Kampfturm usw. Hier könnt ihr euch überall verschiedene Abzeichen verdienen und diese sammeln.