In den Stufen eines Gebiets begegnet ihr Pokémon, die euch angreifen und die ihr besiegen müsst. Dazu bewegt ihr euch auf die Pokémon zu und tippt auf das entsprechende Pokémon, wodurch sich die weiße Zielscheibe auf das Pokémon bewegt und euer Pokémon den Gegner angreift. Nach Absolvieren des Tutorials bewegt sich euer Pokémon von selbst (langsam) fort und greift automatisch Gegner an. Durch Wischbewegungen könnt ihr gegnerischen Angreifen ausweichen und euch schneller fortbewegen. Darüber hinaus könnt ihr mit Hilfe von Bauteilen euer Pokémon verstärken oder spezielle Pokémon und deren Attacke einsetzen, die ihr durch das Besiegen gegnerischer Pokémon aufladen könnt. Wie in Pokémon-Spielen üblich, sind manche Typen dabei gegenüber anderen Typen effektiver oder nicht so effektiv (in diesem Spiel sind das die sogenannten Wechselwirkungen), was euch natürlich sehr von Nutzen sein kann. Während ihr euch durch die Stufe bewegt und Pokémon besiegt, kann es sein, dass ihr Pokémon dadurch einfangt, die ihr dann nach Absolvieren der Stufe erhaltet. Am Ende einer Stufe trefft ihr auf ein starkes Boss-Pokémon, das von schwächeren Pokémon umgeben ist, die den Boss verteidigen. Besiegt ihr den Boss, erhaltet ihr Belohnungen in Form von P, mit dem ihr eure Bauteile verstärken könnt, Erkundungsfedern, mit denen ihr neue Stufen entdecken könnt, sowie Bauteil-Erz, das ihr zu Bauteilen zum Ausrüsten eurer Pokémon und P verarbeiten könnt.

Außerdem erhaltet ihr die in der Stufe gefangenen Pokémon. Deren Stärke wird durch die verschienen Ball-Farben (Rot, Blau oder Gold) ausgedrückt - je Stärker die Attacke ist, die ein Pokémon beherrscht, desto höher ist auch dessen WP-Zahl, die wiederum die Stärke der Pokémon ausdrückt. Die WP-Zahl wird außerdem dadurch beeinflusst, wie viele Pokémon dieser Spezies ihr bereits gefangen habt (Fangbonus).
Durch das Absolvieren der Stufen könnt ihr nach und nach die Bedingungen erfüllen, die notwendig sind, um die sogenannten, viel stärkeren Oberbosse eines Gebiets nacheinander zu besiegen und den Gebietsrang zu erhöhen. Dadurch schreitet ihr im Gebiet voran und schaltet neue Stufen und Pokémon frei, die ihr durch Erkundungsfedern entdecken könnt. Die Stufen haben dabei auch unterschiedliche Wertigkeiten, was wiederum die Stärke und Seltenheit der dort auftauchenden Pokémon bestimmt.

Mit Hilfe von Items und Bauteilen könnt ihr in eurem Abenteuer schneller vorankommen und eure Pokémon verstärken. Mit Hilfe von PokéDiamanten, die ihr auch mit Echtgeld erwerben könnt, und Expresstickets könnt ihr beispielsweise die Bearbeitung von sogenanntem Bauteil-Erz beschleunigen, aus dem ihr Bauteile sowie P und Verstärkungskits (mit denen ihr wiederum die Bauteile verstärken könnt) gewinnen könnt. Mit den Bauteilen könnt ihr eure Pokémon ausrüsten und stärker machen. Man unterscheidet zwischen Standard-Bauteilen, die die Werte eures Pokémon erhöhen, und Spiegel-Bauteilen, mit denen ihr andere Pokémon herbeirufen könnt, die dann eine Attacke einsetzen.

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Durch das tägliche Starten der App könnt ihr besondere Login-Boni erhalten. Außerdem könnt ihr Aufträge absolvieren, um an PokéDiamanten zu kommen. Dabei gibt es drei Arten von Aufträge: Aufträge des Tages, Befristete Aufträge sowie Abenteurer-Aufträge.

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